Počátkem 16. století přicházejí do hustě zalesněné oblasti v okolí Perninku první průkopníci hornictví. Podle pověsti vyhrabal medvěd na tomto místě rudu – odtud i německý název Bärringen.
Období vzniku Perninku je spojeno i zde se jménem majitelů ostrovského panství - rodem Šliků. Dne 19. listopadu 1532, dle historické pečeti, povýšil Jindřich Šlik osadu zvanou Peringer na horní město. Prvním rychtářem obce se stal Jorg Eggner, zvaný Peer.
Novým majitelem se stává Jáchym Šlik, který hornímu městečku Pernink (Perckstedel Peringer) uděluje 2. října 1559 listinu záruk a privilegií – právo týdenního sobotního trhu, vaření a šenku piva, zřízení lázní a koupelí, volný odběr dřeva aj. V důsledku své polohy však Pernink zůstává hospodářsky závislý na dovozu většiny potravin i ostatního zboží. Privilegiem z roku 1562 stvrzuje městu v právě vydaném městském řádu i jeho městský znak.
Deset let nato, po smrti svého manžela, přebírá panství Jáchymova manželka Lukretia, hraběnka ze Salmu. Po šesti letech ho však prodává Volfovi ze Šumburku. Rychle se rozvíjející město roste podél toku Bílé Bystřice a na okolních stráních se těží cín a stříbro. Mocné žíly rudy se nacházely v dolu Nanebevzetí Panny Marie, dolu sv Václava, sv. Antonína, Praotce Jakuba a v mnohých dalších. Ne nadarmo se území mezi Perninkem, Abertamy a Horní Blatnou nazývalo „stříbrným trojúhelníkem".
V době největší konjunktury hornictví zde bylo 74 stoup na drcení rudniny, avšak tavení rudy se provádělo pouze 4krát do roka. Panství, do kterého spadal Pernink, Hroznětín a mnoho dalších osad, pronajali (později i prodali) Šumburkové roku 1590 městu Ostrov.
Purkmistr města Ostrova potvrdil dne 29. srpna 1611 Perninku všechna stará šlikovská privilegia. Období po roce 1618 přináší i sem vlnu tvrdé rekatolizace. Město Ostrov, stojící předtím na straně stavů, uzavřelo roku 1622 kupní smlouvu s děkanem magdeburské kapituly – Kryštofem Hönigkem. V soupisu majetku byl uveden i Pernink se svými 54 šachtami a štolami.
Celé panství však nakonec připadá roku 1623 saskému vévodovi Juliu Jindřichu, jemuž ho do zástavy předal císař Ferdinand II. V držení sasko-lauenburských vévodů zůstává panství až do roku 1689. Roku 1645 (v den sv. Jiří) byla vydána rozsáhlá městská privilegia (obsahovala 17 bodů) - např. svoboda královského horního města, vaření a šenk piva, sklad a prodej soli, výroční trhy aj.
Třicetiletá válka přinesla rozvrat hornictví a následný odchod protestantských horníků pro víru do Saska. Po smrti Františka Julia roku 1689 se jeho dcera provdala za markraběte Ludvíka Viléma Bádenského. Bádenská markrabata zde panovala až do roku 1783. Již za vlády saských vévodů dochází k útlumu těžební činnosti. Začíná se vytvářet řada na hornictví nezávislých řemesel. Roku 1683 vydal vévoda Julius František listinu, na jejímž základě vznikl Spolek spojených cechů.
V roce 1713 se objevují další řemesla mimo spolek - jehlaři, sklenáři, hrnčíři, a roku 1763 rukavičkáři a brašnáři. Na jejich činnost navazovalo obchodování. Kromě punčochářství a výroby krajek vznikají i další výdělečné činnosti (např. cvičení a prodej zpěvného ptactva). Věhlasu dosáhli i místní hudebníci. Důležitým zdrojem obživy obyvatel Perninku bylo také lesní hospodářství.
Vlivem úpadku hornictví a epidemií nemocí byl Pernink v letech 1770–1772 postižen velkou bídou a hladomorem. Roku 1783 předává markraběnka Eleonora Augusta (poslední svého rodu) správu panství do rukou knížete Jana Schwarzenberka. Ale již roku 1799 připadá celé panství České koruně. Císař František I. jej roku 1811 věnoval lénem arcivévodovi Ferdinandovi z Würzburku, který roku 1814 získal zpět své dědičné Toskánsko. V držení toskánských arcivévodů zůstalo panství až do roku 1918. Podmínky k životu a obživě perninských obyvatel byly kritické.
Obrat k lepšímu nastává v 1. polovině 19. století. Pod vedením Adalberta Meinla vzniká v Perninku textilní závod. Rozšiřuje se i dřevovýroba a kovovýroba v menších podnicích. V roce 1843 zde žilo téměř 1800 obyvatel ve 207 domech. Roku 1899 byla otevřena železniční trať z Karlových Varů do Potůčků s přípojem do Saska a právě tehdy dosáhl Pernink období nového rozkvětu, které trvalo až do 2. světové války (počet obyvatel se pohyboval okolo 3500 - z toho pouze 50 Čechů).
Po odsunu téměř 90% německých obyvatel v roce 1946 došlo poměrně brzy k novému osídlení (okolo 1200 obyvatel). Po ukončení těžby uranu v Jáchymově část místních odchází a vzniká mnoho rekreačních chat a zařízení.